А.Е. Жерихов, руководитель Федеральной таможенной службы, возглавляет Федеральную таможенную службу и, в переходный период, организовывает работу ГТК России, координирует и контролирует деятельность заместителей председателя ГТК России по обеспечению развития основных направлений служебной деятельности.

Непосредственно контролирует деятельность:
- Главного организационно-инспекторского управления (Аппарата председателя ГТК России);
- Главного финансово-экономического управления;
- Контрольно-ревизионного управления;
- Управления собственной безопасности;
- Управления делами;
- Службы защиты государственной тайны и специальной документальной связи;
- Мобилизационного отдела (на правах самостоятельного отдела).
Координирует деятельность подразделений ГТК России и таможенных органов по реализации целевой программы развития таможенной службы Российской Федерации и осуществлению организационных мероприятий, связанных с преобразованием ГТК России в Федеральную таможенную службу.
Ю.Н. Жданов, первый заместитель председателя ГТК России, курирует вопросы правовой деятельности таможенных органов, работу таможенных органов по рассмотрению обращений и жалоб, вопросы развития сети подведомственных медицинских учреждений, деятельности Российской таможенной академии . Обеспечивает взаимодействие с органами судебной власти.

Непосредственно координирует и контролирует деятельность:
Правового управления;
Управления контроля соблюдения законодательства в таможенном деле; Медицинского управления;
государственного учреждения Центральная поликлиника Государственного таможенного комитета Российской Федерации ;
государственного учреждения Центральный клинический госпиталь Государственного таможенного комитета Российской Федерации ;
государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования Российская таможенная академия .
Координирует деятельность подразделений ГТК России и таможенных органов в части разработки и реализации мер, обеспечивающих соблюдение и единообразное применение в таможенных целях таможенного законодательства, программы медицинского обеспечения должностных лиц таможенных органов.

Л.А. Лозбенко, первый заместитель председателя ГТК России, курирует вопросы реализации таможенного дела, организации международного сотрудничества, Таможенного союза, организационно-структурной работы, контроля за выполнением поручений Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации. Координирует деятельность подразделений ГТК России, Консультативного совета по таможенной политике ГТК России. Организовывает работу по исполнению мероприятий, направленных на обеспечение деятельности таможенных органов и связанных с применением положений Таможенного кодекса Российской Федерации. Обеспечивает взаимодействие и координацию деятельности ГТК России с федеральными министерствами и иными федеральными органами исполнительной власти.

Непосредственно координирует и контролирует деятельность:
Управления международного таможенного сотрудничества;
Управления по делам Таможенного союза;
Управления по взаимодействию с деловыми кругами;
Центральной энергетической таможни;
Внуковской таможни;
Домодедовской таможни;
Шереметьевской таможни.

Обеспечивает оперативный контроль за деятельностью:
Главного управления организации таможенного контроля;
Главного управления тарифного и нетарифного регулирования;
Главного управления федеральных таможенных доходов;
Главного управления спецтехники и автоматизации таможенных технологий;
Управления валютного контроля;
Управления таможенной статистики и анализа;
Контрольно-ревизионного управления.
Обеспечивает оперативный контроль за организацией и проведением инспекторских проверок таможенных органов.
Координирует деятельность подразделений ГТК России и таможенных органов по реализации программы сотрудничества с Международным банком реконструкции и развития.
Осуществляет оперативное руководство представительствами таможенной службы Российской Федерации за рубежом.
Исполняет обязанности председателя ГТК России в случае его временного отсутствия.
Ю.Ф. Азаров, статс-секретарь заместитель председателя ГТК России, курирует вопросы кадровой и социальной политики, вопросы стабилизации обстановки в Южном федеральном округе. Обеспечивает взаимодействие с органами законодательной власти.

Непосредственно координирует и контролирует деятельность:
- Главного управления кадров;
- Управления по взаимодействию с органами законодательной и исполнительной власти;
- Службы взаимодействия со средствами массовой информации (Пресс- службы ГТК России);
- государственного учреждения Санаторий Победа ГТК России ;
- Южного таможенного управления;
- Приволжского таможенного управления.

Координирует деятельность подразделений ГТК России и таможенных органов по разработке и реализации программы социальной помощи остро нуждающимся должностным лицам таможенных органов, программы по реализации федеральных законов О денежном довольствии сотрудников некоторых федеральных органов исполнительной власти, других выплатах этим сотрудникам в условиях перевода отдельных категорий сотрудников федеральных органов налоговой полиции и таможенных органов Российской Федерации на иные условия службы (работы) и О системе государственной службы Российской Федерации , организации работ по обеспечению доступа к информации о деятельности таможенных органов с учетом постановления Правительства Российской Федерации от 12 февраля 2003 г. 98 Об обеспечении доступа к информации о деятельности Правительства Российской Федерации и федеральных органов исполнительной власти .
Обеспечивает оперативный контроль за деятельностью Мобилизационного отдела (на правах самостоятельного отдела).
Н.А. Волобуев, заместитель председателя ГТК России, курирует вопросы правоохранительной деятельности, организации и проведения оперативно-поисковых и оперативно-технических мероприятий, специальных операции, оперативно-дежурной службы и таможенной охраны, выявления рисков, документального контроля при таможенном контроле товаров и транспортных средств. Осуществляет координацию работы правоохранительных подразделений таможенных органов по борьбе с контрабандой, нарушениями таможенных правил, проведению таможенных ревизий во взаимодействии с другими правоохранительными ведомствами. Обеспечивает взаимодействие и координацию деятельности ГТК России с федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими правоохранительную деятельность.

Непосредственно координирует и контролирует деятельность:
- Главного управления по борьбе с контрабандой;
- Управления таможенных расследований и дознания;
- Управления таможенной инспекции;
- Управления организации силового обеспечения;
- Регионального оперативно-поискового управления;
- Регионального таможенного управления радиоэлектронной безопасности объектов таможенной инфраструктуры;
- Регионального таможенного управления специальных операций;
- Центральной таможни (Кинологического центра ГТК России);
- оперативных таможен.
Координирует деятельность подразделений ГТК России и таможенных органов по разработке и применению технологий и методологий осуществления таможенных ревизий, реализации федеральной программы по борьбе с наркотиками, мер, направленных на борьбу с терроризмом, и федеральной целевой программы Развитие гражданской авиационной техники России на 2002 - 2010 годы и на период до 2015 года .
Обеспечивает оперативный контроль за организацией основных направлений служебной деятельности Управления собственной безопасности и Службы защиты государственной тайны и специальной документальной связи.
В. А. Крутских, заместитель председателя ГТК России, курирует вопросы эксплуатации объектов таможенной инфраструктуры, капитального строительства, финансовой и хозяйственной деятельности таможенных органов и их материально-технического обеспечения.

Непосредственно координирует и контролирует деятельность:
- Главного управления тылового обеспечения;
- федерального государственного унитарного предприятия РОСТЭК ;
- Сибирского таможенного управления; -
- Центральной базовой таможни.
Координирует деятельность подразделений ГТК России и таможенных органов по реализации программы технического оснащения таможенной службы средствами идентификации и программы развития таможенной инфраструктуры. Осуществляет руководство Директоратом управления проектом модернизации информационной системы таможенных органов и обеспечивает его реализацию.
Обеспечивает оперативный контроль за деятельностью Главного финансово-экономического управления.
В.В. Шпагин, заместитель председателя ГТК России, обеспечивает реализацию в таможенных целях задач в области таможенного дела, курирует вопросы организации деятельности таможенных органов по применению таможенного законодательства в отношении процедур, применяемых при таможенном оформлении и таможенном контроле товаров и транспортных средств, помещаемых под различные таможенные режимы, декларирования, валютно-банковского контроля, развития таможенной инфраструктуры и внедрения информационных таможенных технологий, деятельности экспертных и экспертно-криминалистических органов и подразделений, вопросы деятельности экономического блока, таможенных брокеров (представителей) и специалистов по таможенному оформлению.
Обеспечивает реализацию функций тарифного и нетарифного регулирования, товарной номенклатуры внешнеэкономической деятельности, контроля таможенной стоимости, взимания таможенных платежей, ведения сбора и обработки сведений о перемещении товаров через таможенную границу, предоставления и публикации данных таможенной статистики внешней торговли Российской Федерации. Осуществляет координацию работы по исполнению постановлений таможенных органов во взаимодействии с федеральными органами исполнительной власти.

Непосредственно координирует и контролирует деятельность:
- Главного управления организации таможенного контроля;
- Главного управления спецтехники и автоматизации таможенных технологий;
- Главного управления тарифного и нетарифного регулирования;
- Главного управления федеральных таможенных доходов;
- Управления таможенной статистики и анализа;
- Управления валютного контроля;
- Центрального экспертно-криминалистического таможенного управления;
- Северо-Западного таможенного управления;
- Уральского таможенного управления; -
- Дальневосточного таможенного управления;
- Центрального таможенного управления;
- специализированного государственного учреждения Главный научно-информационный вычислительный центр ГТК России .

Координирует деятельность подразделений ГТК России и таможенных органов по реализации концепции контроля таможенной стоимости, исполнению программы информационно-технического оснащения таможенной службы, программы развития Калининградской области и работ по внедрению электронного декларирования.

Порядок замещения по решению вопросов в соответствии с распределением обязанностей заместителей председателя ГТК России

На период временного отсутствия вопросы, закрепленные за:
Л.А. Лозбенко, рассматривает В.В.Шпагин Ю.Ф. Азаровым, рассматривает Н.А. Волобуев; Ю.Н. Ждановым, рассматривает
Л.А. Лозбенко; В.А. Крутских, рассматривает В.В. Шпагин.